Ubicado en la Plaza de Anaya, frente a las dos catedrales y adyacente al antiguo Colegio Mayor de San Bartolomé, se levanta el templo que hoy es sede canónica de la Hermandad y donde tiene lugar el culto principal a las imágenes de Nuestro Padre Jesús Despojado de sus Vestiduras y María Santísima de la Caridad y del Consuelo.

Edificado por los repobladores francos en el siglo XII, el edificio fue concluido en 1731 por Alberto Churriguera y sometido a otra serie de intervenciones importantes tras las consecuencias que dejó en él el terremoto de Lisboa de 1755.

Tiene planta de cruz latina y cúpula octogonal. Su exterior contiene dos portales ornamentados al estilo barroco. La portada principal, orientada al sur, incluye una hornacina con una escultura de San Sebastián. La lateral, al este, incluye otra con la imagen de San Juan de Sahagún, patrón de la ciudad y colegial fundador de San Bartolomé. Ambas fueron obra de José de Larra de Churriguera.

En su interior destaca el retablo del altar mayor y las labores menudas que cubren las bóvedas. El retablo fue encargado por el obispo Tomás Cámara y sobresale en él el lienzo obra del italiano Sebastiano Conca, en el siglo XVIII, que llegó del Museo Provincial de Bellas Artes y representa el martirio de San Sebastián, cuando después de sufrir las flechas es amparado por los ángeles, por lo que se asemeja a Cristo en su Descendimiento de la Cruz, y también por las nobles romanas Irene y Lucinda.

En el año 2011, la iglesia, junto con el Colegio de Anaya y la Hospedería, fue declarada Bien de Interés Cultural con categoría de Monumento.